तत्कालीन कृषि विकास विभागको संगठनात्मक संरचनामा गरिएको सुधारअनुसार वि.सं. २०४९ साउन १ गतेदेखि लागू हुने गरी बाली संरक्षण तथा व्यावसायिक कीट विकास महाशाखाको स्थापना भएको थियो। सोही क्रममा बाली संरक्षणसम्बन्धी प्राविधिक सेवा विस्तार गर्ने उद्देश्यले विभिन्न बाली संरक्षण प्रयोगशालाहरू स्थापना गरिएका थिए। नेपाल सरकार (मन्त्रिपरिषद्) को वि.सं. २०५२ असार ५ गतेको निर्णयअनुसार बाली संरक्षण महाशाखा स्थापना भई त्यसको मातहतमा रहेका प्रयोगशालाहरूले क्षेत्रीय स्तरमा बाली संरक्षणसम्बन्धी प्राविधिक सेवा तथा सहयोग प्रदान गर्दै आएका थिए। पछि नेपाल सरकार (मन्त्रिपरिषद्) को वि.सं. २०५७ असार २६ गतेको निर्णयअनुसार बाली संरक्षण निर्देशनालय स्थापना भई साबिकका क्षेत्रीय बाली संरक्षण प्रयोगशालाहरू निर्देशनालयको मातहतमा सञ्चालन हुन थाले तथा बाली संरक्षणसम्बन्धी कार्यक्रमहरू कार्यान्वयन हुँदै आए।

जिल्लास्तरमा सञ्चालित बाली संरक्षण कार्यक्रमलाई प्रभावकारी बनाउने तथा कृषकहरूलाई बाली संरक्षणसम्बन्धी सेवा उपलब्ध गराउने उद्देश्यले वि.सं. २०४९/०४/०१ गते कैलाली जिल्लाको धनगढीमा बाली संरक्षण प्रयोगशालाको स्थापना गरिएको थियो। प्रारम्भमा यस प्रयोगशालाको कार्यक्षेत्र सुदूरपश्चिमाञ्चल विकास क्षेत्रका नौवटा जिल्ला रहेका थिए। पछि वि.सं. २०६१/०९/०१ गते उक्त प्रयोगशाला धनगढीबाट कञ्चनपुर जिल्लाको सुन्दरपुरमा स्थानान्तरण गरिएको थियो।

देश संघीय संरचनामा रूपान्तरण भएपछि प्रदेश सरकार गठन भई वि.सं. २०७५ सालदेखि बाली संरक्षण प्रयोगशाला सुदूरपश्चिम प्रदेश सरकारको भूमि व्यवस्था, कृषि तथा सहकारी मन्त्रालय तथा कृषि विकास निर्देशनालयको मातहतमा रही बाली संरक्षणसम्बन्धी कार्यक्रम तथा सेवाहरू सञ्चालन गर्दै आएको छ। हाल यस प्रयोगशालाको कार्यक्षेत्र सुदूरपश्चिम प्रदेशका सबै नौवटा जिल्ला रहेका छन्।